Desineo umfasst Anwendungen wie die Geldkarte, Electronic Cash Offline, Girocard nach EMV-Standard (Europay-MasterCard-Visa) sowie die EMV Common Payment Application (CPA).
Außerdem sind die Funktionalität des TAN-Generators für sicheres Homebanking und weitere Anwendungen wie die digitale Signatur (zertifiziert nach SigG/SigV - deutsches Gesetz bzw. deutsche Verordnung zur digitalen Signatur) und Electronic Ticketing sowie Kundenbindungs-Systeme integriert.