Manchmal bleiben nach der De-Installation von Anwendungen die Einträge im Startmenü zurück. Start Menu Cleaner sucht nach solchen verwaisten Verknüpfungen und löscht sie. Wenn Sie "Delete to Recycle Bin" aktivieren, legt das Tool sie in den Papierkorb, statt sie komplett zu löschen. Mit aktivierter Option "Scan Desktop" schaut es auch auf dem Desktop nach Verknüpfungen, die ins Nirwana führen. Verknüpfungen zu aktuell nicht verbundenen Netzlaufwerken oder nicht eingesteckten Wechseldatenträgern wie USB-Sticks lässt Start Menu Cleaner standardmäßig unangetastet.
