Das Gen-Google

THURE ETZOLD ist Vollblutwissenschaftler - und ein Biologe,dem Computer keine Angst einflößen: ideale Voraussetzung, umdie Bioinformatik zu seinem Thema zu machen. Vor zehn Jahrenahnten nur wenige, dass das Management von immensenDatenmengen einmal eine Schlüsselaufgabe in derMedikamenten-Entwicklung sein würde. Damals baute Etzold alsDoktorand am Heidelberger Max-Planck-Institut fürZüchtungsforschung bereits an einem Programm für dasDatenbank-Management - dem Sequence Retrieval System (SRS).Damit ließen sich zunächst ein paar biologische Datenbankenbequem und schnell durchforsten. Heute nimmt es, seit dreiJahren vom Münchner Unternehmen Lion Bioscience vermarktet,Genforschern und Pharma-Firmen in aller Welt viel Arbeitab. Darüber hinaus hilft es, bei der Entwicklung neuerMedikamente Millionen einzusparen. Nach einer Studie vonUBS Warburg verringert sich die durchschnittlicheEntwicklungszeit neuer Medikamente dank Datenbanktechnik umdie Hälfte. Sie filtert Angriffspunkte für neue Wirkstoffeaus über 500 Verzeichnissen.

Das Ziel von Unternehmen wie Biomax, Lion Bioscienceund auch dem Baseler Gentechnikspezialisten Genedata:eine Art Telefonverzeichnis für Gene zu schaffen, in demdie einzelnen Genabschnitte, die Sequenzen und derenZusammensetzung benannt sind - egal aus welcherQuelle die Information stammt. Auch "Expressionsdaten"der Gene zu ihrer Funktion im Gesamtverbund sollendort zu finden sein.

Schneller neue Medikamente

Allerdings ist noch nicht klar, welches Konzept sich amMarkt durchsetzen wird. Nach Ansicht von Ulrich Meyer, demProjekt-Manager Life Science bei Sun Microsystems,verspricht die Suche auf der Dateienebene (wie mit SRS vonLion oder Bio-RS von Biomax) den größten Erfolg. SRS seizehn- bis zwölfmal schneller als herkömmliche relationaleDatenbanken beispielsweise von OracleOracle. Grund: "RelationaleDatenbanken belasten andere Systeme, sind aufParallelrechnern zu träge, und das Zusammenspiel zwischenHard- und Software ist schwierig", urteilt Meyer, der alsSoftware-Berater für die Pharma-Industrie tätig ist."Besonders die erste Periode (drei Jahre) in dem zehn biszwölf Jahre dauernden Zyklus der Medikamenten-Entwicklungwird sich durch Nutzung effizienter Suchsysteme erheblichverkürzen", schätzt Meyer. Während bei relationalenDatenbanken Informationen in Tabellen gesucht werden, istSRS ein Abfragesystem, das auf Textdateien zugreift. DieInformationen, die in einer Datenbank gespeichert sind,passt SRS an und legt sie als Textdateien ab. Trotzdem sindalle Detailinformationen da, und die Suche ist erheblichschneller. Alles zu Oracle auf CIO.de

Von Open Source zum Mega-Deal